影響微生物菌劑質量主要是菌種與生產(chǎn)工藝，不同企業(yè)生產(chǎn)的同類產(chǎn)品質量差異大；不同生產(chǎn)批次間差異大。菌種和產(chǎn)品同質化問題嚴重，菌種（菌株/菌系）同質化、產(chǎn)品組合大多雷同，更新?lián)Q代慢；不重視菌種的篩選、保藏、復壯等。配套生產(chǎn)工藝不盡合理，對于微生物菌劑精細化技術含量高的產(chǎn)品，生產(chǎn)工藝是決定產(chǎn)品質量的關鍵因素。有的企業(yè)斥巨資在生產(chǎn)設備上，而有的企業(yè)設備不配套，生產(chǎn)出的產(chǎn)品質量當然就會有高低?，F(xiàn)在也存在不少企業(yè)主要憑經(jīng)驗生產(chǎn)，設備不配套，企業(yè)間的設備和工藝差距大。
技術上創(chuàng)新：1.菌種創(chuàng)新：優(yōu)良菌種的“四性”：優(yōu)良菌種（菌株）應具備好的功能性、生產(chǎn)性、生態(tài)適應性、安全性；復合菌株的協(xié)同性：各菌株功能互補、生長協(xié)同、環(huán)境互助；菌株活性保持技術：防止菌株退化，采用回歸應用環(huán)境、添加植物或土壤浸提物等措施進行復壯；2.工藝創(chuàng)新：優(yōu)化工藝，降低成本、高效生產(chǎn)；3.產(chǎn)品創(chuàng)新：質量穩(wěn)定、效果穩(wěn)定；4.施用技術創(chuàng)新：與農(nóng)技、農(nóng)藝結合，技術集成，便于施用。
從微生物肥料質檢中心查詢到，截止2016年7月，登記微生物肥料產(chǎn)品2780個，其中正式證1488個，臨時1292個，微生物菌劑正式登記產(chǎn)品500多個，臨時登記也有470多個產(chǎn)品。而近15年微生物肥料行業(yè)的發(fā)展數(shù)據(jù)也反映了微生物產(chǎn)品正逐漸成為市場產(chǎn)品。微生物肥料：含有特定微生物活體的制品，應用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養(yǎng)分的供應量或促進植物生長，提高產(chǎn)量，改善農(nóng)產(chǎn)品品質及農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境。

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