3730xl測(cè)序儀,測(cè)序儀,拓普塞斯
測(cè)序儀之醋酸鈉/乙醇法純化pcr產(chǎn)物
??北京拓普塞斯生物技術(shù)有限公司成立于 2008 年，是湖北三七七生物技術(shù)有限公司的全資子公司，我司自成立至今始終致力于各種類型的生物學(xué)儀器的銷售、維修維護(hù)等服務(wù)。如測(cè)序儀、合成儀、擴(kuò)增儀、蛋白純化儀、自動(dòng)工作站和氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀等，公司尤其在 abi 各種型號(hào)的基因分析儀方面有豐富的維修維護(hù)經(jīng)驗(yàn)。
(1) 將混合物離心，將擴(kuò)增產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到1.5ml ep管中。(2) 加入25μl醋酸鈉/乙醇混合液，充分振蕩，置冰上10min以沉淀dna。12 000r/min于4℃離心30 min，小心棄上清。(3) 加70%(v/v)的乙醇50μl洗滌沉淀2次。12 000r/min于4℃離心5min，小心棄上清和管壁的液珠，真空干燥沉淀10～15min。電泳前測(cè)序pcr產(chǎn)物的處理(1) 加入12μl的tsr于離心管中，劇烈振蕩，讓其充分溶解dna沉淀，稍離心。(2) 將溶液轉(zhuǎn)移至蓋體分離的0.2ml pcr管中，稍離心。(3) 在pcr儀上進(jìn)行熱變性(95℃ 2min)，冰中驟冷，待上機(jī)。
北京拓普塞斯生物專注測(cè)序儀銷售與維修服務(wù)，主營產(chǎn)品型號(hào)：有373測(cè)序儀、377測(cè)序儀、310測(cè)序儀、3700測(cè)序儀和3100測(cè)序儀型等dna測(cè)序儀。歡迎您致電聯(lián)系我們獲取更多優(yōu)惠~~~
二代測(cè)序儀的操作流程
??北京拓普塞斯生物技術(shù)有限公司成立于 2008 年，是湖北三七七生物技術(shù)有限公司的全資子公司，我司自成立至今始終致力于各種類型的生物學(xué)儀器的銷售、維修維護(hù)等服務(wù)。如測(cè)序儀、合成儀、擴(kuò)增儀、蛋白純化儀、自動(dòng)工作站和氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀等，公司尤其在 abi 各種型號(hào)的基因分析儀方面有豐富的維修維護(hù)經(jīng)驗(yàn)。
1）測(cè)序文庫的構(gòu)建（library construction）
首先準(zhǔn)備基因組dna（雖然測(cè)序公司要求樣品量要達(dá)到200ng，但是gnome analyzer系統(tǒng)所需的樣品量可低至100ng,能應(yīng)用在很多樣品有限的實(shí)驗(yàn)中），然后將dna隨機(jī)片段化成幾百堿基或更短的小片段，并在兩頭加上特定的接頭（adaptor）。如果是轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，則文庫的構(gòu)建要相對(duì)麻煩些，rna片段化之后需反轉(zhuǎn)成cdna，然后加上接頭，或者先將rna反轉(zhuǎn)成cdna，然后再片段化并加上接頭。片段的大?。╥nsert size）對(duì)于后面的數(shù)據(jù)分析有影響，可根據(jù)需要來選擇。對(duì)于基因組測(cè)序來說，通常會(huì)選擇幾種不同的insert size，以便在組裝（assembly）的時(shí)候獲得更多的信息。
2）錨定橋接（surface attachment and bridge amplification）
solexa測(cè)序的反應(yīng)在叫做flow cell的玻璃管中進(jìn)行，flow cell又被細(xì)分成8個(gè)lane，每個(gè)lane的內(nèi)表面有無數(shù)的被固定的單鏈接頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈后與測(cè)序通道上的接頭引物結(jié)合形成橋狀結(jié)構(gòu)，以供后續(xù)的預(yù)擴(kuò)增使用。
3）預(yù)擴(kuò)增（denaturation and complete amplification）
添加未標(biāo)記的dntp 和普通taq 酶進(jìn)行固相橋式pcr 擴(kuò)增，單鏈橋型待測(cè)片段被擴(kuò)增成為雙鏈橋型片段。通過變性，釋放出互補(bǔ)的單鏈，錨定到附近的固相表面。通過不斷循環(huán)，將會(huì)在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分布的雙鏈待測(cè)片段。
4）單堿基延伸測(cè)序（single base extension and sequencing）
在測(cè)序的flow cell中加入四種熒光標(biāo)記的dntp 、dna 聚合酶以及接頭引物進(jìn)行擴(kuò)增，在每一個(gè)測(cè)序簇延伸互補(bǔ)鏈時(shí)，每加入一個(gè)被熒光標(biāo)記的dntp就能釋放出相對(duì)應(yīng)的熒光，測(cè)序儀通過捕獲熒光信號(hào)，并通過計(jì)算機(jī)軟件將光信號(hào)轉(zhuǎn)化為測(cè)序峰，從而獲得待測(cè)片段的序列信息。從熒光信號(hào)獲取待測(cè)片段的序列信息的過程叫做base calling，illumina公司base calling所用的軟件是illumina’s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長(zhǎng)會(huì)受到多個(gè)引起信號(hào)衰減的因素所影響，如熒光標(biāo)記的不完全切割。隨著讀長(zhǎng)的增加，錯(cuò)誤率也會(huì)隨之上升。
5）數(shù)據(jù)分析（data analyzing）
這一步嚴(yán)格來講不能算作測(cè)序操作流程的一部分，但是只有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測(cè)序得到的原始數(shù)據(jù)是長(zhǎng)度只有幾十個(gè)堿基的序列，要通過生物信息學(xué)工具將這些短的序列組裝成長(zhǎng)的contigs甚至是整個(gè)基因組的框架，或者把這些序列比對(duì)到已有的基因組或者相近物種基因組序列上，并進(jìn)一步分析得到有生物學(xué)意義的結(jié)果。
北京拓普塞斯生物專注測(cè)序儀銷售與維修服務(wù)，主營產(chǎn)品型號(hào)：有373測(cè)序儀、377測(cè)序儀、310測(cè)序儀、3700測(cè)序儀和3100測(cè)序儀型等dna測(cè)序儀。
測(cè)序儀指標(biāo)
??北京拓普塞斯生物技術(shù)有限公司成立于 2008 年，是湖北三七七生物技術(shù)有限公司的全資子公司，我司自成立至今始終致力于各種類型的生物學(xué)儀器的銷售、維修維護(hù)等服務(wù)。如測(cè)序儀、合成儀、擴(kuò)增儀、蛋白純化儀、自動(dòng)工作站和氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀等，公司尤其在 abi 各種型號(hào)的基因分析儀方面有豐富的維修維護(hù)經(jīng)驗(yàn)。
1高數(shù)據(jù)通量：每次儀器運(yùn)行單端讀取至少可生成300g堿基數(shù)據(jù)，雙端讀取至少可生成600g堿基數(shù)據(jù)；在快速運(yùn)行模式下27h內(nèi)產(chǎn)生120g數(shù)據(jù)2 實(shí)驗(yàn)時(shí)間：?jiǎn)味俗x取4天，雙端讀取8天(根據(jù)測(cè)序長(zhǎng)度略有變化)； ? ? ? ? ? ? ? ? ?快速模式27h3運(yùn)行成本：從樣品制備到數(shù)據(jù)讀取，每測(cè)量100萬個(gè)堿基對(duì)所需成本不高于0.05美元4數(shù)據(jù)讀長(zhǎng)：?jiǎn)味俗x取序列，讀長(zhǎng)大于100個(gè)堿基；5雙端讀取序列：高通量模式讀長(zhǎng)2x100個(gè)堿基；快速模式讀長(zhǎng)2x150個(gè)堿基6樣品用量：dna樣本需要0.1-1微克gdna或cdna7讀取精度：原始數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性≥98.5％,3倍覆蓋拼接序列準(zhǔn)確性≥99.99%8可準(zhǔn)確讀取≥10個(gè)的連續(xù)單個(gè)重復(fù)堿基（如aaaaaaaaaa），準(zhǔn)確性≥98.5%9不同樣品并行性：每次儀器運(yùn)行可平行分析8個(gè)非混合的獨(dú)立樣品10 可開展chip-seq、小rna發(fā)現(xiàn)的定量、未知物種測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組研究、甲一基化研究試劑盒，宏基因組研究、重測(cè)序、目標(biāo)區(qū)域重測(cè)序。
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北京拓普塞斯生物技術(shù)有限公司
17132014458
中國 北京
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1高數(shù)據(jù)通量：每次儀器運(yùn)行單端讀取至少可生成300g堿基數(shù)據(jù)，雙端讀取至少可生成600g堿基數(shù)據(jù)；在快速運(yùn)行模式下27h內(nèi)產(chǎn)生120g數(shù)據(jù)2 實(shí)驗(yàn)時(shí)間：?jiǎn)味俗x取4天，雙端讀取8天(根據(jù)測(cè)序長(zhǎng)度略有變化)； ? ? ? ? ? ? ? ? ?快速模式27h3運(yùn)行成本：從樣品制備到數(shù)據(jù)讀取，每測(cè)量100萬個(gè)堿基對(duì)所需成本不高于0.05美元4數(shù)據(jù)讀長(zhǎng)：?jiǎn)味俗x取序列，讀長(zhǎng)大于100個(gè)堿基；5雙端讀取序列：高通量模式讀長(zhǎng)2x100個(gè)堿基；快速模式讀長(zhǎng)2x150個(gè)堿基6樣品用量：dna樣本需要0.1-1微克gdna或cdna7讀取精度：原始數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性≥98.5％,3倍覆蓋拼接序列準(zhǔn)確性≥99.99%8可準(zhǔn)確讀取≥10個(gè)的連續(xù)單個(gè)重復(fù)堿基（如aaaaaaaaaa），準(zhǔn)確性≥98.5%9不同樣品并行性：每次儀器運(yùn)行可平行分析8個(gè)非混合的獨(dú)立樣品10 可開展chip-seq、小rna發(fā)現(xiàn)的定量、未知物種測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組研究、甲一基化研究試劑盒，宏基因組研究、重測(cè)序、目標(biāo)區(qū)域重測(cè)序。
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